现代人起源主要有两种假说，即多地区起源说和单一地区起源说。

单一地区起源说，即走出非洲说，或者非洲替代说的主要观点认为世界各地所有或者几乎所有的现代人基因的多样性可以追溯至起源自非洲并走出非洲的的解剖学上的现代人。这一假说被多种证据支持，包括遗传学的和化石方面的证据。早期现代人出现的准确地点及时间并不清楚，之前认为是距今19.5万年前的奥莫人，但最近在摩洛哥发现的化石材料认为早在30万年以前，早期现代人就已经出现在北非。

多地区起源说，认为在世界各地存在一些非非洲基因，这些基因是通过杂交获得。根据多地区起源说的版本，现在世界各地生活的人，他们的基因可以追溯至直立人。

最近的一系列关于尼安德特人和丹尼索瓦人基因的研究显示了杂交的可能性。2010年发表的关于尼安德特人基因的研究认为现代人和古老型智人在现代人走出非洲之后进行过杂交。据估计，在欧洲和亚洲人群中，大概有1-4%的DNA不属于早期现代人，而且这些基因并不为非洲撒哈拉沙漠以南的人类所有，但是可以从尼安德特人身上找到，而且美拉尼西亚人还有1-6%的基因来自丹尼索瓦人。

如今，对于现代人与古老型智人是否曾经有过杂交，杂交的特定时期还存在着争论。但是根据最近的基因研究，现代人曾经于至少两个古老型人群有过杂交，一个是尼安德特人，一个是丹尼索瓦人。